Il golfo di Ancona, compreso fra due colli, ha costituito un sicuro riparo ai naviganti sin dal XVI secolo a.C.

Ritrovamenti dell'epoca micenaica testimoniano che già nel XIII secolo a. C. esistevano scambi commerciali con la Grecia. I Piceni, successivamente, estesero i traffici alla costa istriana e a quella dalmata. Infine i Dori, provenienti dai loro iniziali insediamenti a Siracusa, si stabilirono nel porto e nel territorio e, senza entrare in conflitto con la popolazione locale, fondarono la città e le diedero il nome di Ankòn che, in greco, significa gomito e che fa riferimento alla morfologia del promontorio che protegge il golfo di Ancona.
Il golfo venne attrezzato con i primi moli e, successivamente, i romani completarono il lavoro dei predecessori greci.

L'imperatore Traiano, nel II secolo d.C., fece eseguire importanti opere marittime e scelse lo scalo anconetano come luogo di partenza per le guerre contro i Daci. In onore dell'imperatore Traiano, il Senato anconetano fece erigere il monumentale arco trionfale di cui ancora oggi si possono vedere le splendide vestigia.

Nel IX secolo i Saraceni assediarono ripetutamente la città che venne quasi totalmente distrutta, assieme al suo porto. Fortunatamente venne risparmiato l'arco di Traiano. Gli Anconetani, a quel punto, prima di ricostruire la città, fortificarono il porto munendolo di una cinta muraria di difesa.

Alte torri quadrate, alla base delle quali vi erano delle portelle di accesso, proteggevano il porto. La città per chi vi arrivava dal mare, appariva affascinante, con ventiquattro torri che si innalzavano su mura che emergevano dal mare come una diga a difesa da ogni pericolo.

Fra il XIII e XIV secolo, Ancona raggiunse il suo massimo splendore e divenne uno dei porti più importanti dell'Adriatico, secondo solo a Venezia che riuscì ad imporle di rinunciare a proclamare la propria indipendenza e ad accettare di sottomettersi allo Stato Pontificio. In questo periodo e fino al XVIII secolo, gradualmente, Ancona ed il suo porto iniziarono a declinare per importanza dei traffici e per valenza dell'intera città. Fu Papa Clemente XII che, con la concessione della franchigia doganale, la ricostruzione dei moli andati in degrado e la costruzione del lazzaretto, affidata all'Architetto Luigi Vanvitelli, diede nuovo impulso al porto a alla città.

Quel periodo di ritrovato splendore, però, duro ben poco, poiché Ancona, così come altre città italiane, divenne teatro delle vicende belliche legate alle guerre di indipendenza, fu oggetto di occupazioni straniere e, infine, dei bombardamenti aerei dell'ultima Guerra Mondiale che ne rasero al suolo interi quartieri e danneggiarono pesantemente anche le strutture portuali. Anche in questo caso, si salvarono dalla distruzione degli incomparabili gioielli architettonici come l'Arco di Traiano, il Lazzaretto del Vanvitelli ed una porzione delle antiche mura di protezione.

Finita la guerra, con notevoli sforzi iniziarono i lavori di recupero dei moli e delle banchine. I cantieri navali vennero ricostruiti, i traffici marittimi – vista la posizione centrale in Adriatico del porto di Ancona- ebbero una graduale ripresa.